「仕入れたのに赤字なのに税金？」——せどりの申告で在庫が経費にならない理由と、棚卸を1枚で理解する

この記事の更新情報

2026年11月05日公開。国税庁「所得税の棚卸資産の評価方法の届出手続」、所得税基本通達（棚卸資産の評価）、警察庁・警視庁の古物営業法の解説をもとに作成
2026年09月23日扶養親族・配偶者の所得要件を令和8年分の62万円に更新（国税庁 No.1180）

せどり・転売の確定申告で最も多い間違いは「仕入れた金額＝経費」です。所得税では、経費になるのは「売れた商品」の仕入値（売上原価）だけで、年末に売れ残っている在庫は資産として翌年に繰り越します。仕入れに120万円使い、売上が100万円で、年末に60万円分の在庫が残っていれば、赤字ではなく利益40万円です。このずれに気づかず「赤字だから申告不要」と放置すると、無申告で追徴になります。売上原価と棚卸の計算、評価方法（最終仕入原価法）、会社員の20万円ルールと専業の申告ライン、転売目的の仕入れに必要な古物商許可、メルカリの不用品売却との違いを、国税庁と警察庁の資料で整理します。

結論：経費になるのは「売れた分の仕入値」だけ

売上原価の計算式

売上原価＝年初の在庫（期首棚卸高）＋その年の仕入 − 年末の在庫（期末棚卸高）
利益（所得）＝売上 − 売上原価 − その他の経費（送料・手数料・梱包材など）

例：仕入120万円・売上100万円・年末在庫60万円（初年度）
売上原価＝ 0 ＋ 120万円 − 60万円＝ 60万円
利益＝ 100万円 − 60万円 − 経費10万円＝ 30万円（「120万円使って100万円しか売れていないから赤字」ではない）

出典：国税庁「所得税の棚卸資産の評価方法の届出手続」［国税庁］、所得税基本通達（棚卸資産の評価の方法）［国税庁］

売れ残った60万円分は翌年の期首棚卸高になり、翌年売れたときに経費になります。つまり仕入は「いつか」必ず経費になるが、それは売れた年だということです。年末に大量に仕入れて経費を膨らませる方法は通用しません。

棚卸のやり方：12月31日の在庫を数えて仕入値で評価する

12月31日時点で手元にある商品を全部数える。自宅の在庫、倉庫代行（納品済みで未販売）の在庫、返品で戻ってきた商品も含みます。発送済みで代金未回収のものは在庫ではなく売上です。
1点ずつ仕入値を付ける。評価方法を税務署に届け出ていなければ「最終仕入原価法」——その商品を最後に仕入れたときの単価で評価します。同じ商品を1,000円と1,200円で仕入れて2個残っていれば、2個とも1,200円で2,400円です。個人事業主の大半はこの方法で、届出は不要です。
棚卸表を作って保存する。商品名・数量・単価・金額の一覧。青色申告決算書・収支内訳書の「期末商品棚卸高」に合計を書きます。棚卸表は帳簿の一部として7年（白色は5年）保存。税務調査で棚卸表がないと、仕入の全額を経費として認めない前提で見直されます。
値下がりした在庫。相場が下がっても原則は仕入値のまま（原価法）。著しく陳腐化して売れない場合は評価損を計上できる余地がありますが、判断が難しいので税理士に確認してください。廃棄した商品は廃棄した年の経費です。

2年間の流れ（初年度：仕入120万円・売上100万円、2年目：仕入80万円・売上150万円）

出典：所得税法の売上原価の計算をもとに作成。その他の経費は省略

申告が必要になるライン

あなたの立場	所得税の確定申告	住民税
会社員の副業（年末調整あり）	せどりの所得（売上−売上原価−経費）が年20万円超なら必要	20万円以下でも市区町村へ申告
専業（他に収入なし）	所得が基礎控除（合計所得132万円以下なら95万円）と社会保険料控除などの合計を超えたら必要	所得が45万円（自治体で異なる）を超えたら課税
配偶者の扶養に入っている	所得62万円超で配偶者控除の対象外（令和8年分から。令和7年分は58万円超。配偶者特別控除は133万円まで）［国税庁 No.1180］	健康保険の扶養は収入130万円未満（経費を引く前の売上で見られることが多い）

「所得」は売上ではなく利益です。売上300万円でも仕入と経費を引いて所得15万円なら、会社員の副業では所得税の申告は不要です（住民税の申告は必要）。逆に、上の例のように在庫を考慮すると所得が20万円を超えるケースが多く、「赤字のつもり」が無申告になります。無申告は本税に加えて無申告加算税と延滞税がかかります。

所得の区分は、帳簿を付けて保存し、規模が本業の10%以上なら事業所得、そうでなければ雑所得です。判定と損得は副業300万円問題の決着を参照してください。事業所得なら青色申告で65万円控除が使えます。

経費になるもの・注意するもの

経費になる：販売手数料（メルカリ10%・ヤフオク・アマゾンの手数料）、送料・梱包材、仕入先までの交通費、倉庫代行の保管料、商品撮影の機材、リサーチツールの利用料、通信費・家賃の事業使用分（按分）。
売上原価になる：商品の仕入値、仕入時の送料・関税（商品の取得価額に含める）。
資産になる：10万円以上のパソコン・カメラ・棚（減価償却。青色なら30万円未満は一括経費）。減価償却の基礎を参照。
経費にならない：自分や家族の生活用品、仕入と称して自分で使った商品（家事消費として売上に計上）、罰金。
ポイント・クーポン：仕入時にポイントで払った分も仕入値に含めてよいのが原則ですが、獲得したポイントは値引きまたは一時所得として扱う整理が要ります。ポイ活とフリマの税金を参照してください。

古物商許可：転売目的で中古品を仕入れるなら必要

警察庁・警視庁の解説では、「転売するために古物を買って持っている」場合は古物商許可が必要で、自分で使っていた物や自分で使うために買った未使用品を売るだけなら不要です［警察庁］。中古品のせどりは前者に当たります。無許可営業は3年以下の拘禁刑または100万円以下の罰金（古物営業法第31条）で、処罰されると5年間は許可を取れません。

新品のみを仕入れて売る場合（店舗の新品セール品を仕入れる、いわゆる新品せどり）は、一度も使用されていない物でも「一度取引された物品」は古物に当たるため、解釈が分かれます。警視庁は「一度使用された物品、または使用されない物品で使用のために取引されたもの」を古物と定義しており、小売店から買った新品を転売する行為は古物営業に当たり得ます。許可を取っておくのが安全です。
申請は住所地の警察署（生活安全課）。手数料1万9,000円、審査に40日程度。個人でも取れます。
許可の費用は経費（開業費または支払手数料）。

メルカリで不用品を売るのとは別物

自分や家族が使っていた衣類・家具・本などの生活用動産を売った利益は非課税で、申告は不要です（1点30万円を超える貴金属・美術品は除く）。せどりとの境目は「売るために買ったか」で、転売目的で仕入れた時点で課税対象（雑所得または事業所得）になります。同じメルカリでも、不用品の処分と仕入れた商品の販売は区別して記録してください。

消費税は、課税売上（せどりの売上）が2年前に1,000万円を超えると課税事業者になります。個人客への販売が中心ならインボイス登録は原則不要ですが、企業に卸す場合は求められることがあります。仕組みはインボイスの経過措置を参照してください。