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- 公開。国税庁タックスアンサー No.2665・No.2020・No.1900・No.2030・No.1211-1、「令和8年分 年末調整のしかた」、「令和8年度税制改正（所得税の基礎控除の引上げ等関係）Q＆A」をもとに作成
年末調整は会社が12月の給与で1年分の所得税を精算する手続き、確定申告は翌年2月16日から3月15日に自分で税務署へ出す手続きです［国税庁 No.2020］。会社員の大半は年末調整だけで終わります。ただし医療費控除・寄附金控除・雑損控除・住宅ローン控除の初年度は年末調整では扱えないため、その分は確定申告が必要です。逆に、給与の総額が2,000万円を超える人や、年の途中で退職して年内に再就職しなかった人は、年末調整そのものを受けられません［国税庁 No.2665］。両方が必要な人は「年末調整 → 源泉徴収票 → 確定申告」の順に進めます。令和8年分（2026年分）は基礎控除の引上げが令和8年12月1日施行のため、11月30日以前に年末調整を終えた人だけは確定申告で精算します。違いを1枚の表に整理し、自分がどちらをいつやるのかを国税庁の資料で確かめます。
結論：年末調整と確定申告はここが違う
| 年末調整 | 確定申告 | |
|---|---|---|
| 誰がやる | 会社（給与の支払者） | 本人 |
| いつ | その年の12月（最後の給与を支払うとき） | 翌年2月16日〜3月15日 |
| 何を出す | 扶養控除等申告書・基礎控除申告書・保険料控除申告書を会社へ | 確定申告書を税務署へ |
| 対象になる所得 | その会社が支払う給与だけ | すべての所得を合算 |
| 使える控除 | 3枚の申告書に書ける控除（下の一覧） | 左の控除＋医療費控除・寄附金控除・雑損控除・住宅ローン控除の初年度 |
| 精算の時期 | 12月（会社によっては翌1月）の給与に反映 | 申告後に指定口座へ還付、納税があれば3月15日までに納付 |
| 期限 | その年最後の給与を受ける日の前日までに提出 | 還付だけなら翌年1月1日から5年間。納税があれば3月15日 |
出典：国税庁 No.2020・No.2665・No.2030、令和8年分 年末調整のしかた［国税庁］
一言でいえば、年末調整は「給与の分だけの精算」、確定申告は「全部を合わせた計算し直し」です。年末調整の結果は源泉徴収票になり、確定申告ではその数字を書き写して続きを計算します。同じ作業を二度するわけではありません。全体像は会社員の年末調整と会社員の確定申告にまとめてあります。
年末調整で処理できる控除・できない控除
会社に出す紙は3枚です。この3枚に書ける控除が「年末調整で終わる控除」、書けないものが確定申告に回ります。
年末調整で終わる（会社に紙を出すだけ）
- 基礎控除・所得金額調整控除・配偶者（特別）控除・特定親族特別控除［国税庁 様式］
- 扶養控除・障害者・寡婦・ひとり親・勤労学生の各控除［国税庁 様式］
- 生命保険料・地震保険料・社会保険料・小規模企業共済等掛金（iDeCo）の各控除［国税庁 様式］
- 住宅ローン控除の2年目以降（税務署から届く控除証明書兼申告書を会社へ。金融機関の年末残高等証明書も添えるが、金融機関が調書方式なら不要）［国税庁 No.1211-1］
年末調整ではできない（確定申告へ）
- 医療費控除——明細書を添えて確定申告［国税庁 No.1120］
- 寄附金控除——受領証を添えて確定申告（ふるさと納税は下の特例あり）［国税庁 No.1150］
- 雑損控除——災害・盗難・横領で資産に損害が出たとき［国税庁 No.1110］
- 住宅ローン控除の初年度——最初の年分だけは必ず確定申告［国税庁 No.1211-1］
ふるさと納税は例外です。ワンストップ特例は確定申告が不要な給与所得者で、寄附先が5団体以内の場合に使えます。申請すると所得税からの控除は行われず、全額が翌年度の住民税から控除されます［総務省 ふるさと納税ポータルサイト］。医療費控除などで確定申告をする人は特例の前提から外れるので、寄附金も申告書に書きます。
年末調整そのものを受けられない人
12月の年末調整の対象は、1年を通じて勤務している人と、年の途中で就職して年末まで勤務している人です。次の人は除かれます［国税庁 No.2665］。
| 対象外になる人 | どう精算するか |
|---|---|
| 1年間に支払うべきことが確定した給与の総額が2,000万円を超える人 | 確定申告（No.1900） |
| 扶養控除等申告書を出していない人（乙欄） | 確定申告。掛け持ちで他社に申告書を出している従たる給与も同じ |
| 年の途中で退職し、年内に再就職しなかった人 | 確定申告。多くは払いすぎで還付申告になる |
| 日雇労働者など（丙欄） | 確定申告 |
| 災害減免法で源泉徴収の徴収猶予や還付を受けた人 | 確定申告 |
出典：国税庁 No.2665、「令和8年分 年末調整のしかた」5〜6ページ［国税庁］、No.1900［国税庁 No.1900］
年の途中で退職した人にも例外があり、①非居住者になった人②死亡退職③著しい心身の障害で退職した人（再就職の見込みがある人を除く）④12月に支給されるべき給与を受けた後に退職した人⑤パートなどで本年中の給与の総額が136万円以下の人（その年に他の勤務先から給与を受ける見込みがある人を除く）は、退職時に年末調整が行われます［国税庁 No.2665］。⑤の136万円は令和8年度改正を反映した額です。細かい分岐は年末調整をしてもらえない人・対象外になる人で整理しています。
両方必要な人の順番：年末調整 → 源泉徴収票 → 確定申告
医療費がかさんだ年、家を買った年、寄附先が6自治体以上になった年は、両方をやります。順番はひとつです。
- 10〜11月：会社に3枚の申告書を出す。生命保険料・地震保険料・iDeCoの証明書を添えます。医療費や寄附金は出しません。
- 12月：会社が精算する。払いすぎなら12月（会社によっては翌1月）の給与に上乗せで戻り、足りなければ追加で引かれます。
- 源泉徴収票を受け取る。途中で退職した会社の分は退職の日以後1か月以内に交付されます［国税庁 法定調書の手引］。
- 翌年：源泉徴収票の数字を写して確定申告する。年末調整に入れられなかった控除を足すだけ。還付だけなら翌年1月1日から5年間出せるので、2月16日を待つ必要はありません［国税庁 No.2030］。
- 年末調整だけ——1社勤務で、医療費も寄附も住宅ローン初年度もない人
- 年末調整＋確定申告——医療費控除・住宅ローン控除の初年度・6自治体以上の寄附がある人
- 確定申告だけ——年収2,000万円超、年の途中で退職して再就職しなかった人、乙欄の人
令和8年分（2026年分）だけの注意：12月1日施行の改正
令和8年度税制改正で基礎控除などが引き上げられました。改正は令和8年12月1日に施行され、令和8年分以後の所得税に適用されます。国税庁も「令和8年11月までの源泉徴収事務に変更は生じません」と書いています［国税庁 基礎控除の引上げ等について］。
| 項目 | 改正後（令和8・9年分） | 改正前 |
|---|---|---|
| 基礎控除（合計所得489万円以下） | 104万円 | 95万〜68万円 |
| 基礎控除（489万円超2,350万円以下） | 67万円／62万円 | 63万円／58万円 |
| 給与所得控除の最低保障額 | 74万円 | 65万円 |
| 扶養親族・同一生計配偶者の所得要件 | 62万円以下（給与だけなら136万円以下） | 58万円以下（給与だけなら123万円以下） |
出典：国税庁「令和8年4月 源泉所得税の改正のあらまし」1〜2ページ［国税庁］
扶養親族等の所得要件の改正は令和8年12月1日以後に支払う給与から適用されます。新たに要件を満たす家族がいる人は扶養控除等申告書を出し直し、「異動月日及び事由」欄に「令和8年12月1日 改正」と書きます［国税庁 Q＆A Q2-1］。
注意が要るのは令和8年11月30日以前に最後の給与を受けた人です。その年末調整には改正後の控除が反映されないため、確定申告等での精算が必要になります［国税庁 Q＆A Q1-3］。施行日が12月1日のため、11月で区切りを迎えた人だけが自分で申告する側に回ります。本人の落ち度ではないので、心当たりがあれば源泉徴収票を確かめてください。
副業がある人：20万円ルールは所得税だけの話
確定申告が必要な給与所得者の代表例は3つです［国税庁 No.1900］。
- 給与の年間収入金額が2,000万円を超える人
- 給与を1か所から受けていて、給与・退職以外の所得の合計が20万円を超える人
- 給与を2か所以上から受けていて、年末調整されなかった給与と給与・退職以外の所得の合計が20万円を超える人
3つ目が見落とされやすい項目です。掛け持ち先の給与は年末調整されないので、金額が小さくても本業以外の給与と副業の所得を足して判定します。
この「20万円以下なら申告不要」は所得税だけの取扱いです。住民税に同じ特例はないので、確定申告をしないなら市区町村への住民税の申告が残ります。給与所得者の住民税は原則として給与からの特別徴収で、本人の希望では普通徴収を選べません［総務省 個人住民税］。確定申告書の「自分で納付」は給与以外の所得にしか使えず［国税庁 確定申告の手引］、副業が「給与」なら本業の給与から合算して天引きされます。
副業の所得区分や住民税の扱いは副業の確定申告で解説しています。
まとめ
- 年末調整は会社が12月の給与で精算、確定申告は翌年2月16日から3月15日に本人が税務署へ
- 医療費控除・寄附金控除・雑損控除・住宅ローン控除の初年度は年末調整で扱えず確定申告が必要
- 給与の総額が2,000万円超の人、年の途中で退職し年内に再就職しなかった人は年末調整を受けられない
- 両方必要な人は年末調整、源泉徴収票、確定申告の順。還付だけなら翌年1月1日から5年間出せる
- 令和8年11月30日以前に最後の給与を受けた人は、改正後の基礎控除を確定申告で精算
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参考リンク（出典）
- 国税庁 No.2665 年末調整の対象となる人——対象者と5つの例外、136万円
- 国税庁 No.2020 確定申告——申告期間と期限
- 国税庁 No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人——20万円超・2か所給与の判定
- 国税庁 No.2030 還付申告——5年間出せること
- 国税庁 令和8年分 年末調整のしかた——対象とならない人
- 国税庁 No.1120 医療費控除——確定申告で
- 国税庁 No.1150 寄附金控除——確定申告で
- 国税庁 No.1110 雑損控除——確定申告で
- 国税庁 No.1211-1 住宅借入金等特別控除——初年度と2年目以後
- 国税庁 令和8年4月 源泉所得税の改正のあらまし——改正後の控除額
- 国税庁 基礎控除の引上げ等関係 Q＆A——施行日と精算方法
- 総務省 ふるさと納税 税金の控除について——ワンストップ特例
※一般的な情報提供です。年末調整の実務は勤務先の運用で異なります。個別の判断は勤務先・所轄の税務署・税理士にご確認ください。