住宅ローン控除2年目の年末調整｜書き方と残高証明書が要らない人、3,000万円で控除21万円

結論：2年目は「税務署の申告書＋残高証明書」を勤務先へ。調書方式なら残高証明書は不要

出典：国税庁「調書方式に関するよくある質問」問1・問2［国税庁］、「年末調整のための住宅ローン控除証明書の交付時期について」（令和8年9月）［国税庁］。

税務署から届く「控除証明書兼申告書」——2年目以降の分がまとめて届く

1年目に確定申告をすると、税務署から年末調整用の書類が届きます。正式名は「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」です。上半分が税務署の証明、下半分があなたの申告欄という1枚の紙です。

• 書面で受け取る人：2年目以降の年分がまとめて郵送されます。調書方式は入居2年目の11月下旬ごろ、証明書方式は10月下旬ごろです
• 電子で受け取る人：毎年、e-Taxのメッセージボックスに届きます。調書方式は11月中旬ごろ、証明書方式は10月ごろです
• 束の中からその年の年分の1枚を抜いて使います。残りは翌年以降のために保管します
• 勤務先が電子データを受け付けない場合は、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で紙に出せます

出典：国税庁「年末調整のための住宅ローン控除証明書の交付時期について」［国税庁］、「令和8年分 年末調整のしかた」29ページ［国税庁］。

調書方式の人は、書面か電子かで3年目以降の手間が変わります。書面の束は、残高と控除見込額が2年目分にしか印字されません。3年目からは返済予定表を見て自分で書き写す必要があります。毎年印字済みで受け取りたいなら、e-Taxで電子交付に一括同意しておきます。目安は交付を受けたい年の10月末までです［国税庁 FAQ 問17・17-6］。

残高証明書が要らないのは誰か——「2023年以後の入居」だけでは決まらない

残高証明書が不要になる「調書方式」は、入居年だけでは決まりません。借入先の対応とあなたの申請の2つがそろって初めて使えます。

法令上は、2023（令和5）年1月1日以後に入居した人から調書方式の対象です。ただ金融機関のシステム改修が追いつかず、経過措置がすべての金融機関に適用されています。実務では、2024年1月1日以後に入居した人について、対応が済んだ金融機関から順に移っています［国税庁 よくある質問 問1］。

調書方式では、金融機関が2年目以降は毎年10月31日までに年末残高を税務署へ送ります［国税庁 問7］。そのため金融機関から残高証明書は届きません。「今年は証明書が来ない」と慌てる前に、借入先の案内を確かめてください。

申告書の書き方——年末残高×0.7%と控除限度額の小さい方を書く

書くのは下半分の①〜⑥欄です。住宅の区分や取得対価、居住用割合、連帯債務割合、上限は、税務署が上半分に印字しています。令和4年以後に入居した人の様式は、横にⒶ住宅のみ・Ⓑ土地等のみ・Ⓒ住宅及び土地等・Ⓓ増改築等の4列があり、残高証明書の「住宅借入金等の内訳」で丸が付いた列に書きます。家と土地をまとめて借りた人は、ほとんどがⒸ列です。

1. ①欄 年末残高を写す。証明書方式は残高証明書の「年末残高」を、調書方式は印字された額を確かめて書きます。借入先が2か所以上なら全部の分を書き、連帯債務の分は括弧内にも書きます。
2. ②欄 自分の分にする。単独の借入れはそのまま。連帯債務は、上半分の「連帯債務割合」を掛けます。
3. ③欄 取得対価と比べる。②と上半分の「取得対価の額」の少ない方を書きます。
4. ④欄 居住用割合を掛ける。自宅だけなら100%で、③と同じ額です。店舗併用なら印字された割合を掛けます。
5. ⑤欄 上限と比べる。④の合計が、印字された「最高○○万円」を超えるときは上限額を書きます。
6. ⑥欄 0.7%を掛けて100円未満を切り捨てる。印字された「最高○○円」を超えるときは上限額を書きます。

出典：国税庁「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書兼住宅借入金等特別控除計算明細書の記載例」（令和8年分）［国税庁］。

⑤欄の右の「年間所得の見積額」には、その年の合計所得金額の見込みを書きます。調書方式の人は、備考欄に「調書方式に対応する金融機関からの借入れ」などと書きます。証明欄の下の「（参考）適用初年分の控除額」は、各年の控除額がこれを上回ることはないという目安です。⑥欄がこの額より大きくなったら、写し間違いを疑ってください。

令和3年以前に入居した人は様式が違い、控除率は1%です。国税庁の記載例では、平成30年入居の様式は「⑭欄＝⑪×1%」、令和3年入居は「⑧欄＝⑤×1%」になっています。

※床面積40〜50平方メートル未満の住宅は、合計所得1,000万円以下が条件。中古住宅や増改築は上限と期間が異なる。令和4年入居でも、契約時期の特例に当たる人は1%・13年。令和3年以前の入居で13年の控除を受ける人は、11年目から建物の取得価格（税抜）×2%÷3と比べた少ない方になる。令和8年度の税制改正で見直されたのは令和8年以後の入居分で、令和7年までに入居した人の控除率・上限・期間は変わらない。出典：国税庁 No.1211-1［国税庁］・No.1212［国税庁］。

※所得税額12万円・課税総所得金額等250万円は説明のための仮定です。限度額は国税庁 No.1211-1［国税庁］、住民税の上限は総務省［総務省］。

住民税の分は、自分で市区町村に申告する必要はありません。所得税の手続きを済ませていれば、勤務先の給与支払報告書から自動で反映されます［総務省］。控除の結果は、12月か1月の給与で還付金として戻ります。戻る時期は年末調整の還付金はいつ・いくら戻るかで確かめられます。

連帯債務・ペアローン——控除は「負担割合と持分」で夫婦に分かれる

夫婦で借りた場合、控除の対象額はローンの組み方で分かれます。どちらも、1人の申告書に合算してはいけません。

• ペアローン：2本の別々のローン。それぞれが自分の残高で控除を受け、書類も1人ずつ届きます
• 連帯債務：1本のローンを2人で負う形。夫婦で決めた負担割合と、家の持分から各自の対象額を出します

連帯債務の人は、申告書の①欄に年末残高の全額、②欄に連帯債務割合を掛けた自分の分を書きます。国税庁の令和8年分の記載例では、年末残高3,950万円・割合50%で②欄は1,975万円、控除額は13万8,200円です（13万8,250円の100円未満を切り捨て）［国税庁 記載例］。平成31年以後に入居した人の申告書には割合が印字されています。印字が無い様式の人は、もう1人の連帯債務者に備考欄へ文言と住所・氏名を書いてもらいます。文言は「私は連帯債務者として、住宅借入金等の残高○○円のうち、○○円を負担することとしています。」で、その人が会社員なら勤務先の所在地と名称も書きます［国税庁 年末調整のしかた 33ページ］。

国税庁の例では、4,000万円を連帯債務で借り、持分は2分の1ずつ、負担は夫6・妻4でした。夫の対象は2,000万円、妻は1,600万円です。夫が負担した2,400万円のうち、自分の持分を超える400万円は対象になりません［国税庁 質疑応答事例］。

負担割合は所得に応じて合理的に決める必要があります。組み方ごとの損得はペアローンのメリットとリスクで比べています。

出し忘れた・証明書をなくした——確定申告で5年さかのぼれる

年末調整に間に合わなくても、控除の権利は消えません。翌年に確定申告をすれば受けられます。

• 残高証明書が遅れた：翌年1月31日までに届けば、勤務先で年末調整をやり直してもらえます［国税庁 質疑応答事例］
• それ以後・出し忘れた：翌年の確定申告で受けます。還付を受けるだけの申告は、翌年1月1日から5年間出せます［国税庁 No.2030］
• 控除証明書兼申告書をなくした：税務署に「交付申請書」を出せば再交付されます。e-Taxでも書面でも出せて、期限はありません［国税庁 A1-39］
• 残高証明書をなくした：借入先の金融機関に再発行を頼みます

向かない人と落とし穴——転職・繰上返済・高収入の年は要注意

次に当てはまる年は、年末調整では控除を受けられないか、受けても後で取り消されます。

• 年の途中で退職し、年末に勤め先がない：年末調整の対象外です。翌年の確定申告で受けます
• 年の途中で転職した：年末に在籍する新しい勤務先で年末調整できます。前の勤務先の源泉徴収票と、控除証明書兼申告書をそろえて出します［国税庁 No.2665］
• 繰上返済で返済期間が短くなった：最初の返済月から最後の返済月まで10年以上なら続けられます。10年未満になった年からは控除を受けられません［国税庁 質疑応答事例］
• その年の合計所得が2,000万円を超えそう：その年分は控除を受けられません。令和3年以前に入居した人は3,000万円、床面積40〜50平方メートルの住宅は1,000万円が境です［国税庁 No.1211-1］
• 年末にその家に住んでいない：12月31日まで住み続けることが要件です。単身赴任で家族が住み続けていれば受けられます。家族ごと転居するときは、住まなくなる日までに「転任の命令等により居住しないこととなる旨の届出書」と未使用の申告書を税務署に出します。そうすれば、戻った年以後に残りの期間を受けられます［国税庁 No.1234］
• 借換えで借入額が増えた：新しいローンの当初金額が借換え直前の残高を上回るときは、①欄に「年末残高×借換え直前の残高÷新しいローンの当初金額」を書きます。調書方式でも借換え後は残高が印字されません［国税庁 年末調整のしかた 31ページ］

繰上返済は「期間短縮型」で一気に返すと、10年の線を割りやすくなります。残高が減れば控除額も減るので、金利と控除のどちらが大きいかを先に比べてください。転職した年の手続き全体は転職した年の年末調整、単身赴任の扱いは転勤と住宅ローン控除にあります。

制度の全体像は住宅ローン控除ガイドを見てください。

まとめ

• 会社員は2年目から年末調整で受けられる。勤務先に出すのは税務署の控除証明書兼申告書と金融機関の年末残高等証明書
• 2024年1月以後に入居し、借入先が調書方式で適用申請書を出した人は残高証明書が不要
• 控除額は年末残高の0.7%（令和3年以前の入居は1%）で、3,000万円なら21万円。所得税で引ききれない分は翌年度の住民税から最高9万7,500円まで
• 年末調整に間に合わなくても、翌年の確定申告で5年以内ならさかのぼれる
• 繰上返済で返済期間が10年未満になった年や、合計所得が2,000万円を超える年は控除を受けられない

参考リンク（出典）

• 国税庁 No.1211-1「住宅の新築等をし、令和4年以降に居住の用に供した場合」——控除率・限度額・2年目以後の手続き
• 国税庁 No.1212「住宅の新築等をし、令和3年までに居住の用に供した場合」——令和3年以前の入居の控除率・限度額
• 国税庁「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書兼住宅借入金等特別控除計算明細書の記載例」（令和8年分）
• 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」——29〜34ページ
• 国税庁「住宅ローン控除の適用に係る手続（年末残高調書を用いた方式）に関するよくある質問」
• 国税庁「住宅ローン控除の適用に係る手続（調書方式）について」——対応した金融機関の一覧へのリンクあり
• 国税庁「年末調整のための住宅ローン控除証明書の交付時期について」（令和8年9月）
• 国税庁「年末残高等情報のマイナポータル連携に関するFAQ」（令和8年9月17日）
• 国税庁「年末調整で住宅借入金等特別控除を受ける方へ」——申告書の記載例
• 国税庁 A1-39「年末調整のための住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請手続」
• 国税庁 質疑応答事例「繰上返済等をした場合の償還期間」
• 国税庁 質疑応答事例「共有の家屋を連帯債務により取得した場合の借入金の額の計算」
• 国税庁 質疑応答事例「年末残高等証明書が年末調整に間に合わない場合」
• 国税庁 No.2030「還付申告」
• 国税庁 No.1234「転勤と住宅借入金等特別控除等」
• 総務省「個人住民税の住宅ローン控除」
• 国土交通省「住宅ローン減税」——令和8年度改正（入居期限の延長など）

本記事は一般的な情報提供です。個別の判断は勤務先の担当者・税務署・税理士などの専門家に確認してください。