인보이스 제도(적격청구서 등 보존방식)는 2023년 10월에 시작되었고, 매출 1,000만 엔 이하의 면세사업자에게는 '등록할지 여부'가 고민거리가 되었습니다. 판단의 열쇠는 거래처가 과세사업자인지 일반 소비자인지입니다. 2026년 10월 1일부터는 면세사업자로부터의 매입에서 공제할 수 있는 비율이 80%에서 70%로 내려갑니다. 등록한 사람의 부담을 줄여 주는 2할 특례도 2026년 9월 30일을 포함하는 과세기간으로 끝나고, 개인사업자에게는 2027년분·2028년분의 3할 특례가 새로 마련되었습니다. 이 글에서는 판단 기준·소비세 계산·경과조치의 최신 일정·등록을 그만두는 절차를 구체적인 예와 함께 정리합니다.
인보이스 제도의 요점
소비세 납부액은 '매출에서 받은 소비세 − 매입에서 지급한 소비세(매입세액공제)'로 계산합니다. 2023년 10월 이후 이 매입세액공제를 받으려면 원칙적으로 적격청구서(인보이스)의 보존이 필요해졌습니다. 인보이스를 발행할 수 있는 것은 세무서에 등록한 적격청구서 발행사업자뿐입니다［국세청 인보이스 개요（일본어）］.
매출 1,000만 엔 이하로 소비세 납세 의무가 없는 면세사업자는 그대로는 인보이스를 발행할 수 없습니다. 발행하려면 등록이 필요하고, 등록하면 소비세의 신고·납세 의무가 생깁니다. 여기가 가장 큰 판단 포인트입니다.
미등록이면 상대방은 어떻게 되나?（2026년 10월에 80%→70%）
'면세사업자로부터 매입하면 상대방은 전혀 공제할 수 없다'고 오해하기 쉽지만, 실제로는 경과조치가 있어 단계적으로 축소됩니다. 2026년도 세제개정으로 이 경과조치는 적용 기한이 2년 연장되고, 공제할 수 있는 비율도 7할·5할·3할로 재편되었습니다［국세청 2026년도 세제개정 특집（일본어）］.
| 과세매입을 한 날 | 면세사업자 등으로부터의 매입에 대한 공제 |
|---|---|
| 2023년 10월〜2026년 9월 | 지급한 소비세 상당액의 80% |
| 2026년 10월〜2028년 9월 | 지급한 소비세 상당액의 70% |
| 2028년 10월〜2030년 9월 | 지급한 소비세 상당액의 50% |
| 2030년 10월〜2031년 9월 | 지급한 소비세 상당액의 30% |
| 2031년 10월〜 | 공제 불가（전액이 상대방의 부담 증가） |
출처: 국세청 적격청구서 등 보존방식에 관한 Q&A 문13（2026년 4월 개정）［국세청 Q&A 문113（일본어）］
즉 발주 측의 부담 증가는 당분간 일부에 그치며, 해마다 커져 갑니다. 이것이 '등록해 달라'는 교섭 압력의 배경입니다.
비율은 적용하려는 과세매입의 시기로 판정합니다. 용역을 제공받은 경우에는 원칙적으로 그 용역 전부가 완료된 날이 과세매입을 한 날입니다. 예를 들어 9월 21일부터 받던 작업이 10월 20일에 완료되고 대금을 10월 31일에 지급했다면 비율은 70%가 됩니다［국세청 Q&A 문113-3（일본어）］. 발주 측은 장부의 '80% 공제대상'이라는 기재도 10월 이후의 매입부터 '70% 공제대상'으로 고쳐야 합니다.
같은 상대 1인으로부터의 과세매입 합계액（세금 포함）이 그 해 또는 사업연도에 1억 엔을 넘으면, 넘은 부분에는 경과조치를 쓸 수 없습니다. 개정 전 10억 엔에서 내려갔고, 2026년 10월 1일 이후 개시하는 과세기간부터 적용됩니다［국세청 2026년도 세제개정 특집（일본어）］. 소규모 외주가 중심이라면 영향이 없지만, 면세사업자에 대한 지급이 큰 회사는 상대별 집계가 필요합니다.
면세사업자라는 이유로 한 일방적인 대금 인하나 거래 중단은 독점금지법(우월적 지위의 남용)이나 하도급법상의 문제가 될 우려가 있습니다. 공정거래위원회가 견해를 제시하고 있습니다［공정거래위원회（일본어）］. 등록은 어디까지나 임의이며 강제되는 것이 아닙니다.
등록해야 할지·하지 않아도 될지
등록을 검토하는 편이 좋음
- 거래처가 거의 과세사업자（BtoB 중심）
- 대기업·관공서와의 거래가 있음
- 매출이 1,000만 엔에 가깝다／넘을 것 같음
- 등록 유무로 수주에 차이가 나는 업종
등록하지 않아도 되는 경우가 많음
- 거래처가 주로 일반 소비자（BtoC 중심）
- 거래처도 면세사업자·간이과세
- 미등록인 채로 거래 계속에 합의가 되어 있음
미용실·요리교실·핸드메이드 판매·전문직의 대개인 서비스 등 일반 소비자가 상대라면 인보이스를 요구받지 않으므로, 미등록인 채로도 실제 피해는 작은 경우가 많습니다.
등록한 경우 소비세의 계산（세 가지 방법）
과세사업자가 되면 소비세 계산 방법을 다음 세 가지 중에서 선택할 수 있습니다（요건 있음）.
- 원칙과세：매출 소비세 − 실제 매입 소비세. 매입이 많은 업종에서 유리하지만 장부·인보이스 관리가 필요.
- 간이과세：매출 소비세 ×（1 − 간주 매입률）. 기준기간의 과세매출 5,000만 엔 이하이며 사전 신고가 필요.
- 2할 특례：매출 소비세 × 20%. 면세에서 등록한 사람의 부담 경감 조치（후술・기한 있음）.
간이과세의 간주 매입률（업종별）
도매업（제1종）
90%
소매업（제2종）
80%
제조업 등（제3종）
70%
음식점 등（제4종）
60%
서비스업 등（제5종）
50%
부동산업（제6종）
40%
간이과세（간주 50%）：10만 엔 ×（1 − 50%）＝ 5만 엔
2할 특례：10만 엔 × 20% ＝ 2만 엔
경과조치의 일정（2할 특례・3할 특례・소액 특례）
면세사업자에서 인보이스 등록을 한 소규모 사업자는 매출 소비세액의 8할을 특별공제세액으로 뺄 수 있어 납부액이 매출 소비세액의 2할이 됩니다. 적용할 수 있는 것은 2023년 10월 1일부터 2026년 9월 30일까지의 날을 포함하는 각 과세기간이며, 개인사업자는 2026년분(2027년에 하는 신고)이 마지막입니다. 사전 신고는 필요 없고 신고서에 적용을 받는다는 뜻을 덧붙이기만 하면 됩니다［국세청 Q&A 문114（일본어）］.
2026년도 세제개정으로 새로 마련되었습니다. 대상은 개인사업자뿐이며 법인은 쓸 수 없습니다. 2027년·2028년의 과세기간에 대해 매출 소비세액의 7할을 특별공제세액으로 뺄 수 있어 납부액은 매출 소비세액의 3할이 됩니다. 2할 특례와 마찬가지로 사전 신고는 필요 없고 신고서에 적용을 받는다는 뜻을 덧붙입니다［국세청 Q&A 문114-2（일본어）］. 기준기간（2027년분이면 2025년, 2028년분이면 2026년）의 과세매출이 1,000만 엔 이하일 것 등이 조건입니다［국세청 2026년도 세제개정 특집（일본어）］. 또한 2028년 4월 1일 이후에는 계산 대상 금액에서 특정 소액자산의 양도 대가가 제외됩니다［국세청 Q&A 문114-2（일본어）］.
세금 포함 1만 엔 미만의 과세 매입은 인보이스 보존이 없어도 장부 보존만으로 매입세액공제를 할 수 있습니다. 기간은 2023년 10월 1일〜2029년 9월 30일. 대상은 기준기간의 과세매출 1억 엔 이하（또는 특정기간 5,000만 엔 이하）의 사업자입니다.
2할 특례가 끝나면 어떻게 할까?
선택지는 간이과세나 원칙과세입니다. 개인사업자는 2027년분·2028년분에 한해 3할 특례도 쓸 수 있습니다. 서비스업 등 매입이 적은 업종은 간이과세（제5종이라면 실질 50% 공제）가 유리한 경우가 많습니다［국세청 No.6505（일본어）］. 간이과세는 기준기간의 과세매출이 5,000만 엔 이하인 과세기간에만 쓸 수 있고, 선택하면 원칙적으로 2년간은 계속 적용하게 됩니다.
간이과세는 원칙적으로 적용하려는 과세기간이 시작되는 날의 전날까지 '소비세 간이과세제도 선택 신고서'를 내야 합니다. 다만 2할 특례·3할 특례를 적용한 과세기간의 다음 과세기간부터 간이과세로 옮길 때는 그 과세기간의 확정신고 기한까지 내면 됩니다［국세청 Q&A 문117（일본어）］. 예를 들어 2026년분까지 2할 특례로 신고한 개인사업자가 2027년분부터 간이과세로 하고 싶다면, 2027년분 소비세의 확정신고 기한（2028년 3월 31일）까지 '2027년분부터 적용을 받는다'고 기재한 신고서를 내면 됩니다. 개인사업자의 소비세 신고 기한은 소득세의 3월 15일이 아니라 3월 31일입니다［국세청 D1-22（일본어）］.
등록을 그만두고 싶을 때: 취소 신고서의 기한과 2년 제한
인보이스 등록은 '적격청구서 발행사업자의 등록 취소를 요구하는 뜻의 신고서'를 내면 그만둘 수 있습니다. 다만 등록의 효력을 잃는 날은 제출한 날로 정해지며, 기한을 하루 넘기면 효력 상실이 1년 뒤로 밀립니다.
이 날까지 내면 다음 과세기간의 첫날에 등록의 효력을 잃습니다. 넘기면 효력을 잃는 날은 그다음 과세기간의 첫날입니다［국세청 D1-70（일본어）］.
| 제출하는 사람 | 제출한 시기 | 등록의 효력을 잃는 날 |
|---|---|---|
| 개인사업자（과세기간＝역년） | 12월 17일까지 | 다음 해 1월 1일 |
| 개인사업자（위와 같음） | 12월 18일 이후 | 그다음 해 1월 1일 |
| 3월 결산 법인 | 3월 17일까지 | 같은 해 4월 1일 |
| 3월 결산 법인（위와 같음） | 3월 18일〜3월 31일 | 다음 해 4월 1일 |
출처: 국세청 적격청구서 등 보존방식에 관한 Q&A 문13, 등록 취소 신고서 기재요령［국세청 기재요령（일본어）］
'15일 전의 날'이 일요일·공휴일·토요일이나 12월 29일부터 31일에 해당해도 다음 날로 미뤄지지 않습니다［국세청 Q&A 문13（일본어）］. 연말 휴가에 들어가기 전에 내 두는 것이 안전합니다. 제출처는 납세지를 관할하는 업무센터이며, e-Tax 소프트웨어로도 제출할 수 있습니다［국세청 D1-70（일본어）］.
면세사업자가 '등록에 관한 경과조치'를 이용해 등록한 경우（2023년 10월 1일을 포함하는 과세기간에 등록한 사람은 제외）, 등록을 그만둬도 등록일부터 2년을 경과하는 날을 포함하는 과세기간까지는 기준기간의 과세매출과 관계없이 면세사업자가 될 수 없습니다［국세청 Q&A 문13（일본어）］. 예를 들어 2024년 4월 1일에 등록하고, 2025년 12월 1일에 취소 신고서를 내어 2026년 1월 1일에 등록을 그만둔 개인사업자는 2026년분도 과세사업자로서 소비세 신고가 필요합니다［국세청 Q&A 문13-2（일본어）］.
이전에 '소비세 과세사업자 선택 신고서'를 내어 과세사업자가 된 사람은 등록의 효력을 잃은 뒤에도 과세사업자인 채로 남습니다. 면세사업자로 돌아가려면 돌아가려는 과세기간의 첫날 전날까지 '소비세 과세사업자 선택 불적용 신고서'를 따로 내야 합니다［국세청 Q&A 문13（일본어）］. 이 신고서는 과세사업자가 된 과세기간의 첫날부터 2년을 경과하는 날을 포함하는 과세기간의 첫날 이후가 아니면 제출할 수 없습니다［국세청 D1-5（일본어）］.
폐업한 경우나 개인사업자가 사망한 경우, 법인이 합병으로 소멸한 경우에는 취소 신고서가 아니라 '사업 폐지 신고서' 등의 제출로 충분합니다［국세청 리플릿（일본어）］. 취소한 뒤에 다시 등록할 수도 있지만, 등록 신청서에 희망 등록일을 적어 그 날부터 기산해 15일 전까지 내야 하며, 재등록일부터 또 2년간은 면세사업자로 돌아갈 수 없습니다［국세청 Q&A 문13-2（일본어）］.
국세청의 인보이스 제도 적격청구서 발행사업자 공표 사이트에서는 등록번호 가운데 맨 앞의 로마자를 뺀 13자리 숫자로 검색하면 성명·명칭과 등록 연월일 외에 등록 취소 연월일·등록 실효 연월일까지 표시됩니다［국세청 공표 사이트（일본어）］. 거래처의 등록이 이어지고 있는지 확인하고 싶을 때는 여기에서 검색합니다.
자주 묻는 질문
거래처가 개인뿐이면 등록은 불필요한가요?
일반 소비자는 인보이스를 필요로 하지 않으므로, BtoC 중심이라면 미등록이라도 영향이 작은 경우가 많습니다. 거래처에 과세사업자가 포함되어 있는지로 판단합니다.
등록하면 반드시 소비세를 내나요?
네. 등록하면 과세사업자가 되어 소비세의 신고·납세 의무가 생깁니다. 납부액은 원칙과세·간이과세·2할 특례（기한 있음）에서 선택할 수 있습니다.
2할 특례는 언제까지인가요? 끝나면?
2026년 9월 30일을 포함하는 과세기간까지（개인사업자는 2026년분 신고까지）입니다. 그 후 개인사업자는 2027년분·2028년분에 대해 3할 특례（납부액은 매출 소비세액의 3할·신고 불필요）를 쓸 수 있습니다. 법인은 간이과세나 원칙과세로 옮깁니다.
2026년 10월부터 면세사업자에 대한 지급은 어떻게 바뀌나요?
면세사업자 등으로부터의 매입에서 공제할 수 있는 비율이 80%에서 70%로 내려갑니다. 비율은 지급한 날이 아니라 과세매입을 한 날로 정해지며, 장부의 '80% 공제대상' 기재도 10월 이후에는 '70% 공제대상'으로 고칩니다.
인보이스 등록을 그만두려면? 기한은 언제인가요?
'등록 취소를 요구하는 뜻의 신고서'를 그만두려는 과세기간의 첫날부터 기산해 15일 전의 날까지 냅니다. 개인사업자는 12월 17일까지（주말·공휴일이어도 늘어나지 않습니다）이며 다음 해 1월 1일에 효력을 잃습니다. 넘기면 효력 상실은 그다음 해 1월 1일입니다.
미등록을 이유로 단가 인하를 요구받으면?
일방적인 대금 인하나 거래 중단은 독점금지법·하도급법상의 문제가 될 우려가 있습니다. 공정거래위원회의 견해를 확인하고, 필요에 따라 상담 창구 이용도 검토합시다. 등록은 어디까지나 임의입니다.
정리
참고 링크（출처）
본 기사는 다음 공적 기관의 자료를 바탕으로 작성했습니다（중립・일차 정보）. 경과조치·특례는 개정되므로 최신 내용을 반드시 국세청에서 확인하세요.
- 국세청 인보이스 제도（적격청구서 등 보존방식）의 개요（일본어）
- 국세청 2할 특례（소규모 사업자에 대한 부담 경감 조치）의 개요（일본어）
- 국세청 No.6501 납세 의무의 면제（일본어）
- 국세청 No.6505 간이과세 제도（일본어）
- 국세청 인보이스 제도 2026년도 세제개정 특집（일본어）
- 국세청 적격청구서 등 보존방식에 관한 Q&A（문13·문113·문114·문114-2·문117）（일본어）
- 국세청 2할 특례 특설 페이지（일본어）
- 국세청 D1-70 적격청구서 발행사업자의 등록 취소를 요구하는 뜻의 신고 절차（일본어）
- 국세청 D1-22 소비세 간이과세제도 선택 신고 절차（일본어）
- 국세청 D1-5 소비세 과세사업자 선택 불적용 신고 절차（일본어）
- 국세청 인보이스 제도 적격청구서 발행사업자 공표 사이트（일본어）
- 공정거래위원회 인보이스 제도와 독점금지법 등에 관한 견해（일본어）
※본 기사는 일반적인 정보 제공이며 세무 조언이 아닙니다. 등록의 필요 여부나 과세 방식의 선택은 세무서·세리사에게 상담하세요.
