電子帳簿保存法をわかりやすく｜電子取引データ保存の義務化と対応方法

3区分の整理：義務か任意か

国税庁のパンフレットも、①②は「希望者のみ」、③だけを「法人・個人事業者は対応が必要」と書き分けています［国税庁 令和8年6月］。つまり、紙でもらった領収書はこれまでどおり紙のまま保存してOK（スキャンは任意）。義務化されたのは③だけです［国税庁 制度概要］。

③の根拠は電子帳簿保存法7条です。所得税（源泉徴収に係る所得税を除く）と法人税の保存義務者は、電子取引を行った場合、一定の要件の下でその取引情報に係る電磁的記録を保存しなければなりません［国税庁 制度概要］。

義務の「電子取引」とは？

請求書・領収書・注文書・契約書などを電子データでやりとりしたものが「電子取引」です。国税庁の定義は、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書などに通常記載される取引情報の授受を電磁的方式により行う取引。企業間のデータ交換取引、インターネットによる取引、電子メール（添付ファイルを含む）での授受、ウェブサイトを通じた授受などが含まれます［国税庁 制度概要］。たとえば次のようなものです。

• メールにPDFで届いた請求書・領収書
• Amazon・楽天などネット通販の購入履歴・領収書（ダウンロードするもの）
• クレジットカードや交通系ICの利用明細（Web）、各種クラウドサービスの請求書

これらは2024年1月から、データのまま保存することが必要です。2023年末までは「紙に印刷して保存」も認められていましたが、その経過措置（宥恕措置）は終了しました［国税庁］。

保存に必要な2つの要件

(A) 改ざん防止（真実性）

次のいずれか1つを満たせばOKです［国税庁］。

• タイムスタンプを付与する
• 訂正・削除の履歴が残る（または訂正削除できない）システムで保存する
• 「事務処理規程」を定めて運用する（国税庁がWordのひな形を公開。コストゼロで対応できる最も手軽な方法）

(B) 検索できる状態（可視性）

原則、①取引年月日・金額・取引先で検索／②日付や金額の範囲指定／③2項目以上の組み合わせ、で検索できるようにします［国税庁］。ファイル名を「20260610_5万円_〇〇商事」のように統一し、表計算ソフトで索引を作る方法でも対応できます。

なお基準期間（2年（期）前）の売上高が5,000万円以下の事業者は、ダウンロードの求めに応じられるようにしていれば、検索要件そのものを満たす必要がありません［国税庁 令和8年6月］。

小規模事業者の負担軽減（特例・猶予）

• 検索要件の免除：基準期間（2年（期）前）の売上高が5,000万円以下の事業者は、税務職員のダウンロードの求めに応じられるなら、検索要件を満たさなくてよい［国税庁 令和8年6月］。
• 猶予措置（恒久）：保存要件に従えなかったことについて所轄税務署長が「相当の理由」があると認める場合で、かつ税務調査の際に①データのダウンロードの求めと②プリントアウトした書面の提示・提出の求めの両方に応じられるときは、改ざん防止・検索の要件を満たさなくてもデータを保存しておくだけでよいとされています［国税庁 令和6年11月］。事前の届出は不要で、「人手不足」「システム整備の資金不足」「システム整備が間に合わない」なども相当の理由として認められます［国税庁 令和6年11月］。

多くの個人事業主・小規模法人は、「データを決まったルールでフォルダ保存し、事務処理規程を備えておく」だけで実務上は足ります。

帳簿・書類はいつまで保存する？

保存期間は法人と個人、青色と白色で違います。電帳法の要件を満たしてデータで保存する場合も、期間はこの表のとおりです。

対応しないとどうなる？

電子取引データを適切に保存していないと、青色申告の承認取消しの対象になり得るほか、仮装・隠ぺいがあった場合は重加算税が10%加重されるなどのリスクがあります。国税庁は加重の理由を、電子取引データは紙の書類を保存する場合に比べて「複製・改ざん行為が容易で、その痕跡が残りにくい」ためと説明しています［国税庁 令和8年6月］。とはいえ、保存要件を満たせない「相当の理由」がある場合は前述の猶予措置があるため、まずはデータを消さずに残し、ルールを決めて整理することが第一歩です［国税庁］。

2027年1月から：重加算税10%加重の除外と青色75万円（デジタルシームレス保存）

令和7年度税制改正で、請求書などのデータを自動で保存し帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が電子帳簿保存法に新設されました。通称「デジタルシームレス保存」です。一定の要件を満たして電子取引データを送受信・保存すれば、その電子取引データに関連する隠蔽・仮装行為は重加算税10%加重の適用対象から除外されます［国税庁 令和7年4月］。

3つの要件

国税庁は「デジタルシームレス保存は、電子取引データ保存の要件を満たしていることが前提です」としています［国税庁 令和8年6月］。いまの義務に対応していることが出発点です。

対象になるデータは2種類だけ

使うのは「国税庁長官が定める基準に適合するシステム」です。その基準は国税庁告示第2号（令和7年3月31日）で定められ、令和9年1月1日から適用されます［国税庁 告示第2号］。対象になる電子取引データは次の2つです。

• デジタル庁が管理する仕様に従って送受信されたデジタルインボイス（仕様は「Invoice JP PINT」または「JP Self-Billing」。国際規格 Peppol で流通する請求データ）［国税庁 令和8年6月］
• 預貯金口座における決済データ（金融機関等が預金者・貯金者の委託を受けて行う、その口座の資金を移動させる為替取引の取引情報）［国税庁 告示第2号］

あらかじめ届出書を出しておく

優遇を受けるには、あらかじめ届出書の提出が必要です［国税庁 令和7年4月］。正式名称は「電子取引の取引情報に係る電磁的記録に係る重加算税の加重措置の不適用の特例及び75万円の青色申告特別控除（個人事業者）の適用を受ける旨の届出書」です［国税庁 届出書］。

青色申告特別控除は令和9年分から75万円

令和8年度改正で、青色申告特別控除の上限が65万円から75万円に引き上げられました。適用は令和9年分以後の所得税からです［国税庁 令和8年6月］。75万円の要件は、65万円の控除の要件に加えて、①優良な電子帳簿の保存 または ②デジタルシームレス保存を満たすことです［国税庁 青色申告特別控除］。

書面申告の上限が下がる点は見落としやすいところです。国税庁も「令和8年分の確定申告までは、書面申告でも55万円の青色申告特別控除が適用可能でしたが、令和9年分以降は、書面申告の場合の控除上限額は10万円となります」と明記しています［国税庁 青色申告特別控除］。なお現金主義による所得計算の特例を受けている場合は、65万円・75万円の控除は受けられません（10万円は可能）［国税庁 青色申告特別控除］。

よくある質問

データの出典

• 3区分・電子取引の義務化・保存要件・検索要件・特例：国税庁 電子帳簿等保存制度特設サイト
• 3区分の表記・保存要件・5,000万円以下の検索要件免除・デジタルシームレス保存の3要件・届出書の期限・青色75万円：国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」（令和8年6月）
• 令和7年度改正の内容と適用開始時期：国税庁「請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が新設されました」（令和7年4月）
• 対象データ（デジタルインボイス・預貯金口座の決済データ）：国税庁告示第2号（令和7年3月31日）
• 届出書の様式・手続：国税庁 重加算税の加重措置の不適用の特例及び75万円の青色申告特別控除の適用を受ける旨の届出書
• 電子取引の定義・保存義務の根拠（電子帳簿保存法7条）：国税庁 電子帳簿等保存制度の概要
• 猶予措置（相当の理由）：国税庁「電子取引データの保存方法について」（令和6年11月）
• 青色申告特別控除75万円の要件・書面申告10万円：国税庁 青色申告特別控除の案内
• 保存期間：国税庁 No.5930（法人）／No.2080（白色申告）／No.2070（青色申告）

※本記事は一般的な情報提供であり、税務上の助言ではありません。要件の適用や個別の判断は事情により異なるため、対応の前に国税庁の特設サイトや税務署・税理士にご確認ください。