2026年6月締切の補助金まとめ｜新事業進出・デジタル化AI導入・省力化を逃さない
2026年6月は、中小企業・個人事業主が使える大型補助金の締切が集中します。なかでも中小企業新事業進出補助金は第4回が最終回となる見込みで、現行制度で申請できる最後のチャンスです。6月中に締切が来る補助金を締切日順に整理し、申請前に知っておきたい「補助金は課税対象」という税務処理まで解説します。
下記いずれの補助金も、申請には「GビズIDプライムアカウント」が必要です。取得に数週間かかる場合があるため、未取得の方は今すぐ手続きを始めてください。
結論：6月締切の主役は3つ
| 補助金 | 締切 | 補助上限 | 補助率 |
|---|---|---|---|
| 中小企業新事業進出補助金（第4回・最終回） | 6/19(金) 18:00 | 最大9,000万円 | 1/2〜2/3 |
| デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金） | 6/15(月) 17:00 | 最大450万円 | 1/2（賃上げ2/3） |
| 中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型） | 随時受付（6月中も可） | 最大1,500万円 | 1/2 |
6月締切の補助金 詳細
中小企業新事業進出補助金（第4回・最終回）
締切 6/19(金) 18:00既存事業とは異なる新市場・新事業へ進出する中小企業の設備投資等を支援する、6月締切で最大規模の補助金です。
対象経費は建物費、機械装置・システム構築費、外注費、広告宣伝費など。
第4回公募は最終回となる見込みで、2026年度後半にものづくり補助金との統合が予定されています。新事業への進出を考えているなら、現行スキームで申請できるこのタイミングを逃さないようにしましょう。
デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）
締切 6/15(月) 17:00会計ソフト・在庫管理システム・AI搭載ツールなどの導入費を支援。個人事業主も申請可能で、6月締切のなかでは最も使いやすい補助金です。
対象枠は通常枠／インボイス枠（インボイス対応類型・電子取引類型）／セキュリティ対策推進枠／複数者連携枠。いずれも6月15日が締切です。
導入するITツールは事務局に登録済みの製品から選びます。インボイス対応の会計ソフトや受発注システムは「インボイス枠」を使うと補助率・補助額が手厚くなります。
中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）
随時受付（6月中も可）人手不足の解消につながる省力化設備を、登録カタログから選んで導入する制度です。一般型と異なり随時受付のため、6月中でも申請できます。
清掃ロボット、配膳ロボット、自動券売機、セルフレジなどが対象。なお一般型は第6回が5月15日で締切済み、第7回は6月5日公募開始・7月下旬締切予定です。
「6月締切」と誤解されやすい補助金
ネット上の情報には年度がずれているものもあります。次の2つは2026年6月が締切ではないので注意してください。
令和8年度（2026年度）は第20回が11月5日受付開始・12月15日締切の予定。6月締切ではありません。
令和8年度は9月1日受付開始の見込み。6月締切だったのは令和7年度（すでに終了）です。
申請前に必ず押さえる｜補助金の税務処理
補助金は「もらって終わり」ではありません。受け取った補助金は原則として課税対象です。ここは特に正確に押さえておきましょう。
法人は受け取った補助金が益金に算入され法人税の対象に、個人事業主は事業所得の総収入金額に算入され所得税の対象になります。「補助金で機械を買ったのに、その補助金に税金がかかる」点を見落とすと、納税時に資金不足になることがあります。
固定資産の取得に充てた国庫補助金等は、圧縮記帳で受け取った年度の課税を繰り延べられます（個人は所得税法42条の総収入金額不算入の特例）。ただしこれは課税の「繰り延べ」であって「免除」ではなく、圧縮後の帳簿価額で減価償却するため翌年以降の償却費が小さくなり、その分だけ各年の所得が増えます。
補助金そのものは対価性がないため消費税は不課税です。一方、補助対象の設備購入時に支払った消費税は通常どおり仕入税額控除の対象です（簡易課税・免税事業者を除く）。
設備価格：300万円／補助金：150万円／自己負担：150万円
受け取った補助金150万円は益金（総収入金額）に算入 → そのままだと法人税・所得税が増える
圧縮記帳を使えば、150万円分の課税をその年は繰り延べ可能
注意：圧縮後は帳簿価額150万円で減価償却するため、毎年の償却費は半分に
まとめ
参照元・公式情報
- 中小企業庁 ミラサポplus（補助金・給付金等の制度一覧）
- 中小機構 補助金活用ナビ（最新スケジュール）
- デジタル化・AI導入補助金2026 事業スケジュール
- 中小企業省力化投資補助金
- 国税庁 タックスアンサー No.5763 国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳
- 国税庁 タックスアンサー No.2100 減価償却のあらまし
※本記事は情報提供を目的としており、税務アドバイスではありません。締切日・補助額・要件は公募回次により変わります。申請前に各補助金の公式サイト・公募要領、または認定支援機関・商工会・税理士にご確認ください。